Um developer deve sempre usar um conjunto de coding standards de forma a que o código siga sempre as mesmas convenções facilitando a sua leitura e compreensão.
A nível do Visual Studio nunca tive muitos problemas, mas a nível do T-SQL ... a historia é outra. Uma ferramenta que ajuda e muito é o addin "Poor Mans T-SQL" que implementa os coding standards definidos por Steven Bates numa série de posts nos MSDN Blogs.
Este addin está disponível neste link de várias formas: Stand alone app, Notepad++ addin, online, ...
Depois de instalado basta abrir/reiniciar o SQL Server Management Studio, e o addin está disponível no menu Tools.
Fonte: Poor Mans T-SQL formatter